在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃，恰巧遇见正在修业旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕……本片为小学馆创立90周年的纪念之作。
松本梨香 大谷育江 石冢运升 饭冢雅弓 兴梠里美 关智一 林原惠美 三木真一郎 犬山犬子 大塚周夫 平松晶子 久川绫 三石琴乃 潘惠子 丰岛雅美 爱河里花子 冬马由美 小西克幸 金井美香 上田祐司 坂口候一 筱原惠美 加贺谷纯一 挂川裕彦 西村千奈美 伊崎寿克 酒井哲也 川岛得爱 鹿贺丈史 浜田雅功 山寺宏一
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